設立宗旨
台灣人口稠密，在有限的土地與資源下要發展經濟，並達到環境永續經營的目標，有相當的困難度。工業區的設置，經常引起環境污染與國民健康維護的疑慮，也造成開發單位與民間環境監督團體之間的緊張對峙，由此顯示，欲使台灣邁向永續發展成熟社會，需要依賴有效的環境監測、健康風險評估、風險溝通、風險管理與環境治理，這方面的研發與管理人才需求相當殷切。此外，近年來國際上倡議以人為本的預防、建立支持性的安全衛生工作環境，讓工作者得以尊嚴勞動，並達到健康工作-健康生活的安全、健康、福祉的職業安全衛生目標。此一潮流使得職業健康服務必須涵蓋更全面性的職業衛生與健康管理內涵，也高度挑戰現代的職業安全衛生技術與管理。在這樣的趨勢下，2013年台灣修訂通過職業安全衛生法，適用的工作人口擴大到全行業，並從傳統對安全之重視，擴大到衛生及勞工健康議題的重視，此一轉變，亦使職場對職業衛生及健康管理的人力需求大大增加，高等教育對此些職業安全衛生專業管理人才職能之養成更形重要。
以上這些環境與職業衛生相關的技術與管理工作均相當專業化及技術性，必須透過國外引進科技加以實驗或由國內自行開發研究，而這些工作也均需要透過有組織的研究機構去統合人力與資源來完成，且為因應國家發展之需要，必須訓練環境衛生問題之診斷、環境政策管理，工業與職業衛生管理、環境健康影響與風險評估、環境偵測技術及控制等方面專業人才，才能符合政府有關機構如行政院環保署、勞動部、衛生福利部及各級環保單位、勞工安全衛生檢查機構、民間環保服務及檢驗機構、顧問公司及工廠法定之安全衛生管理人員之人力需求。這些人才將從事於技術研發、環境改善與偵測、風險評估，職業衛生管理、職業病防之管理，以及綜合性環境保護之科技整合工作，因此本所乃朝向環境衛生與職業衛生雙軌發展，期滿足政府及產業社會人力需求。
教學目標
本所教師負責授課之教學科目與其學術領域完全結合，如陳美蓮老師專長為環境與職業衛生，授課內容為環境與職業衛生相關課程。郭憲文老師專長為環境與職業流行病學及健康風險，教學課程為環境健康風險評估及暴露評估。楊振昌老師具醫師背景，所學為流行病學，授課與流行病學、職業醫學有關。余國賓老師專長於室內空氣污染控制及氣膠技術，教授課程為室內空氣品質、作業環境控制工程及氣膠技術學等。紀凱獻老師專長為持久性有機污染物分析及有害空氣污染物之環境流布與傳輸，教授課程為環境變遷與公害防制，氣膠儀器分析等。張榮偉老師專長為職業衛生、暴露評估及風險評估，教授課程為環境衛生學(國際衛生學程英文授課)、消費性商品安全與風險管理及職業衛生特論等。潘文驥老師專長為環境流行病學、噪音與交通污染，教授課程為R軟體於環境流行病學之應用。
本所教師在課程規劃上除了須經課程委員會審查外，也一向強調整合並發揮所上教師的專長，以培養學生環境職業衛生專業知識(碩士生)及專業領域獨立研究人才(博士生)，訓練學生基本學科能力，並培養學生研究能力、人際溝通及管理能力、獨立判斷能力及團隊合作的能力。在教學實務上，本所致力於提供環境衛生、環境保護、毒理學相關、職業衛生管理及職業病防治等方面的課程，進而培育出以上相關課程之專業、管理及研究人才。在此理念下，本所依環境與職業危害因子的致病機轉、危害評估及危害因子之管理與控制的架構設計本所課程，以達到本所設立宗旨與目標。本所主要教學目標有：
（1）培養學生具備環境中危害物之認知、評估、控制等專業知識與實務經驗。
（2）培養環境衛生、環境保護、職業衛生管理及職業病防治等方面之科學家、專業人才及政府、社會之管理領導人才。
（3）研究我國環境危險因子、致病機轉及其防治方法，提供政府訂定相關政策時之參考資料。
（4）發展與研究環境與職業衛生方面之新技術，以改善我國之環境與職業衛生。